核磁共振可以检查肠胃，但是不具有优势，一般情况下不会首选磁共振进行胃肠道检查，会选择胃肠道造影、胃镜甚至CT。胃肠道为空腔脏器，和气球一样，气球在吹起来和不吹起来时相差很大，没吹时候有一定厚度，吹起来以后就会变薄。而核磁共振判断肿瘤，尤其是空腔脏器的肿瘤需要根据厚度进行判断，充盈状态不同，厚度会有区别。
当然，在明确分期肿瘤分期时可以进行核磁共振检查，比如胃癌、结肠癌，可以明确浸润深度，有没有淋巴结转移，有没有远处脏器转移，比如肝脏转移，可以选择合适的治疗手段，比如需要外科手术、放疗还是化疗。对于直肠癌的分期，核磁共振是首选检查，因为直肠位置比较固定。
核磁共振的劣势是在于肠壁和胃壁厚度受充盈状态影响，另外，胃肠蠕动会影响检查效果，可以使用抑制平滑肌蠕动的药物，成像质量可以非常高。核磁共振在直肠癌TNM分期时，尤其是外科手术之前是首选检查方法。