胃底静脉曲张跟食管静脉曲张实际是一回事，只不过发生的部位不一样，但血管来源一样，是因为肝硬化门静脉高压。正常情况下，通过肝脏的血液回流困难，则会通过侧支循环回流到大循环。其中血管在胃走向通过胃底，再往上流到食管静脉，所以比较严重的病人可以在胃底就看到静脉曲张。静脉曲张跟食管静脉曲张发生的机制是一回事，都提示肝硬化门静脉高压。
还有一部分病人是因为出现局限性门静脉高压，所谓局限性门静脉高压往往都是胰腺病变的病人，特别是胰腺发生炎症的病人。在局部胰尾的部位，也就是在胃底和脾脏附近形成局部门静脉高压，在胃镜下可以表现在胃底局部形成门 静脉高压。此时候不是肝硬化所引起，而是由于胰腺炎导致的局限性门静脉高压。