四联疗法治疗幽门螺杆菌存在的副作用，主要与两种抗生素、铋剂有关，包括食欲下降、恶心胃部不适、大便不成形、腹泻，严重时会有皮疹、肝功能异常。另外，铋剂可以引起大便发黑、头晕、头痛的副作用。
上述皮疹、食欲下降、大便发黑、轻微腹泻，都是比较常见的、比较有可能出现的副作用，但大多数症状比较轻微，如果只是轻微的食欲下降、大便不成形、大便发黑，建议坚持用完根除幽门螺杆菌治疗的药物，固定疗程结束后，症状可能就能缓解。
但如果上述症状持续存在或明显加重，比如出现严重 皮疹，建议停药调整药物，避免产生严重的后果。部分副作用，比如体质比较虚弱的人群或年龄比较大的人，可能出现伪膜性肠炎等副作用。可能停药也不能缓解，还需要再进行针对性的药物治疗才能缓解，所以用药的过程中需要注意。