对于睡到半夜腰两侧疼，主要原因包括强直性脊柱炎、腰肌劳损以及腰椎间盘突出，具体如下：
1、强直性脊柱炎：导致半夜里腰痛最常见的问题是强直性脊柱炎，疼痛的特点是躺在床上时疼得厉害，起来活动后就好了，而且晚上半夜里疼得厉害，白天反而较轻。如果疼痛符合上述情况，并且又疼痛有3个月以上，需要抽血化验，即血沉、C反应蛋白、HLA-B27基因，还有骶下关节核磁，从而排除有无强直性脊柱炎引起的睡到半夜腰的两侧疼痛的问题；
2、腰背部的肌筋膜炎以及腰肌劳损：其也可能出现睡的床太软或太硬，还有姿势不当，从而导致半夜时出现腰的两侧疼痛；
3、腰椎间盘突出症：其压迫神经、脊髓以及硬膜囊，可以导致在半夜时，腰的两侧疼痛、难忍，从而因为疼痛而醒过来；
4、肾脏疾病、输尿管结石：其在发作时，可以引起腰痛，但通常很少两侧的结石同时发作。