睡眠障碍的药物治疗存在副作用，因为药物生产出来之后就像硬币，有正作用就一定会有副作用。但不要因为担心药物的副作用就开始回避药物，睡眠不好带来的健康危害其实远远大于药物带来的健康危害，而且药物在没有出现副作用之前，所有副作用并不一定会出现在患者的身上，医生同时会监测副作用。
对于常见的帮助睡眠的药物副作用，如安定类药物氯硝西泮、阿普唑仑、艾司唑仑，都有比较严重的副作用。如有肌松作用，如果打呼噜，吃药物可能会加重夜间缺氧，另外会成瘾、戒断、易跌倒，尤其是老年人，会使老人出现肌松，平衡有问题，会出现跌倒，第二天还有 药物宿醉感，这些都是药物带来的不良作用。
睡眠障碍如不宁腿综合征、异态睡眠常用多巴胺受体激动剂、抗癫痫药物，这些药物也会有副作用。但可以放心，所有药物的使用都在医生监测下，所以不用太担心药物副作用，而要担心睡眠障碍本身带来的危害。