尿路感染反复发作的原因，一方面是泌尿系统有些潜在的疾病没有处理，会招致反复感染。如长期留置尿管，或者存在有肾结石、膀胱结石的这部分病人，因为体内尿液中本身就有异物存在，会导致细菌的定殖。所以应用抗生素等把细菌杀死只是暂时的状态，停药之后又会很快地迎来反复。
所以如果本身泌尿系统有这些病变，有结石或长期留置导尿管的病人，或者说体内有输尿管、支架管，或者存在肾输尿管反流等这些基础疾病的状态情况下，尿路感染非常容易反复，或者很难治愈。
另一个常见的原因是之前感染治疗得并不彻底，如选取的抗生素不太合适，细菌有所耐药，或者治疗疗程不够，过早停药，都会造成细菌杀灭不彻底，停药之后可能细菌逐渐繁殖，又很快迎来泌尿系感染的反弹。
所以这种情况下，建议根据尿培养的结果选取敏感的抗生素，另外要足量、足疗程地进行抗感染治疗。