进行肌电图检查，存在一定的痛苦性。肌电图检查是有创伤性检查，在进行肌电图检查时，需要将较细的针极刺入肌肉。进行募集电活动时还会要求患者在指令下，进行肌肉收缩动作，此时会增加患者的痛苦，所以肌电图有一定的创伤性和痛苦性。
疼痛的评估有一定主观性，与个人的敏感程度以及情绪等方面有密切关系，所以不同的人感受到的肌电图疼痛的程度也不同。可能同一刺激，不同患者的感受不同，疼痛的阈值也不同，所以肌电图对每个患者痛苦的程度不可一概而论。但是肌电图检查对于某些疾病的诊断，尤其是下运动神经异常的诊断，有非常重要的作用。有必要进行肌电图检查时，还是要充分考虑利弊，最好是听从医生的建议来完成检查。