新生儿血管瘤暂时没有明确的病因，常见有以下几种理论假说：
一、内在缺陷理论：
认为肿瘤形成是通过血管生成，与血管瘤主细胞有关，类似原发性血管虫形成。
二、外在缺陷理论：
1、异常环境：包括缺氧、雌激素水平、生长因子、细胞因子以及异常支持细胞，是新生儿血管瘤和异常增殖的主要原因；
2、肿瘤微环境：造成血管瘤生成，普遍认为是胎盘异常的原理。临床上有研究观察到新生儿血管瘤中胎盘异常，也有研究证实血管瘤的前体细胞来自于胎盘，据推测与肿瘤细胞类似，胎盘绒毛膜血管瘤分泌的物质，为新生儿血管瘤的发生做好准备；
3、其他因素：如低出生体重儿、早产儿、多胎妊娠儿、胎盘异常，以及婴儿血管瘤加粗、紫癜等宫内并发症，与血管瘤发生相关。