引起雌二醇低下有多种原因，最主要原因是卵巢功能受到影响。卵巢功能受到影响，出现雌激素水平下降，雌二醇主要反映雌激素水平状态，所以雌二醇低下会出现低雌症状。所有引起卵巢功能受损因素，都可以让雌二醇低下，也就是雌激素水平降低，因为卵巢有两大功能，第一大功能是排卵，排完卵后会分泌激素，也就是雌孕激素加雄激素，因此如果卵巢功能受损，激素分泌受影响，这时激素水平会下降。因此雌激素水平降低，既是因卵巢功能受损，也可以由于卵巢以上内分泌轴出现问题，都可以出现激素水平匮乏。
雌激素水平低下要找病因，脑部垂体出现异常，可以引起卵巢 功能低下；大脑皮质异常，可以导致卵巢功能异常，雌二醇分泌减少。只要影响卵巢功能，尤其影响卵巢分泌，雌激素功能的所有疾病、使用药物及治疗后遗症，都可以造成低雌状态。