尿液检查细菌升高应考虑有尿路感染的可能，正常尿液中并没有细菌，如果尿液中出现细菌称之为细菌尿，可见于尿路感染，常见致病菌为致病性的大肠杆菌。
也有一些复杂性尿路感染是由于各种原因造成的细菌感染，如泌尿系统解剖和功能异常、免疫缺陷性疾病等造成其他细菌的感染机会增多，比如变形杆菌、不动杆菌等。
尿液中的细菌常常由会阴部的细菌感染引起，会阴部的细菌主要来自肠道和女性阴道，经尿道通过逆行感染的方式而造成下尿路感染，在采取尿液标本时，若尿道外口沾染会阴部，可造成尿液中的细菌出现污染。
污染的细菌一般＜10^3/ml，对于介于10^3-10^5/ml的菌落数，则认为可疑感染，需重新进行检查，同时要结合患者临床表现综合分析。另外一种情况是尿中细菌可见于无症状性菌尿，无症状性菌尿被认为尿液中的细菌数量也＞10^5/ml。
但是患者可能没有症状，考虑是致病率比较低的细菌感染造成，对于无症状性菌尿，多数患者不需要治疗，对于孕妇出现无症状性菌尿则需要治疗，因为有引起早产的可能。