绝大多数骶管囊肿患者没有任何症状，通常是在做核磁共振的时候发现有骶管囊肿。因为绝大多数情况没有引起神经功能的问题，不需要任何治疗，只有个别骶管囊肿刺激到神经，可能引起大小便问题，或者引起下肢感觉的问题和运动问题，这类病人可能需要进行手术治疗。做手术的时候一方面是把囊肿切除掉；另一方面是对于囊肿刺激到的神经，将神经彻底解放出来，使神经功能恢复正常，从而缓解其引起的症状。
对于骶管囊肿也可以完全将其当成一种正常的变异存在，很多病人如果不是因为检检查，比如不是因为做核磁共振，则不会发现骶管囊肿的存在。在对神经没有造成任何的影响时，患者没有必要进行治疗，此情况也不会消失。患者没有必要将其当成心理负担，只要神经功能正常，则无需进行治疗。