根据卵巢囊肿的不同类型，其病因具体如下：
1、生理性囊肿：卵巢的卵泡长大之后没有及时排出，病因常和平时的生活规律改变、生活习惯的变化或者仅是去一趟外地出差，导致卵巢排卵异常。这种生理性的卵巢囊肿，下一次来完月经以后自然就会消失；
2、非生理性的卵巢囊肿：也就是持续存在的卵巢囊肿，比如卵巢的畸胎瘤、巧克力囊肿，卵巢的单纯性囊肿，比如浆液性囊肿或者黏液腺囊肿。这些囊肿都是有相应的病因，也需要相应的处理，比如卵巢的畸胎瘤，瘤细胞随着激素水平的变化，会逐渐长大；巧克力囊肿，女性生活及工作压力大造成内分泌的失调，子宫内膜异位到卵巢上，形成卵巢的巧克力囊肿；卵巢的浆液性囊肿、黏液腺囊肿以及输卵管系膜囊肿，都没有特定原因，属于偶然发现的类型。