部分儿童轻微肾炎可以恢复，特别是早期肾炎，甚至可以自愈。由于肾炎的原因不同、肾脏病理类型不同，预后也不同。急性链球菌感染后肾小球肾炎病理是肾小球毛细血管内皮细胞增生，此类情况可以恢复，轻度可自愈。还有其它感染相关的轻微早期肾炎，特别是病理改变轻微或早期膜性肾病，都可以恢复。如果是慢性肾炎，即使病情轻微，也不会彻底自愈。
慢性肾炎是一种慢性疾病，病情缓慢进展、长期存在，但进展程度因人而异。特别是病理表现为重度系膜增生、局灶节段硬化性肾炎、膜增生性肾小球肾炎，治疗较为困难，即使在应用糖皮质激素和免疫抑制剂治疗，可能也无法得到理想效果，经过治疗病情好转后仍然存在复发风险。总之，儿童出现肾炎需要正规就医、规范用药、规律生活作息、合理饮食、适当营养、增强抵抗力、预防感染，轻微肾炎有机会好转甚至自愈。