甲硝唑和替硝唑属于同一类别的抗菌药物，但两种药物也有一定区别，具体如下：
1、药品代差：甲硝唑属于第一代硝基咪唑类抗菌药物，而替硝唑属于第二代的硝基咪唑类抗菌，替硝唑是甲硝唑的升级药品；
2、抗菌作用：甲硝唑主要对厌氧菌具有较好的抗菌作用，对滴虫、阿米巴虫也具有一定的治疗效果。而替硝唑同样对上述病原菌具有明显的治疗作用，替硝唑的抗菌作用是甲硝唑的2-4倍，因此在疗效方面，替硝唑强于甲硝唑；
3、副作用：替硝唑也具有一定的优势，替硝唑相对于甲硝唑而言，不良反应的发生率以及严重程度均有所减轻和减少。甲硝唑容易导致胃肠道反应，而替硝唑的不良反应发生率以及严重程度，都有所下降；
4、作用时间：甲硝唑和替硝唑相比，替硝唑每服用1次，药效持续时间更长。因此替硝唑的服药间隔长于甲硝唑，在用药依从性方面也具有一定优势。