衣原体感染严重，衣原体包括肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体，沙眼衣原体和牛衣原体。约50%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体感染所致，沙眼衣原体体积较小，介于细菌和病毒之间，通常会寄生在细胞内，对细胞内组织破坏较严重。沙眼衣原体可以引起性病性淋巴肉芽肿，易导致女性发生盆腔炎、宫颈炎以及导致孕妇早产、流产。
沙眼衣原体还可以感染婴儿，导致婴儿出现沙眼体、沙眼衣原体眼炎、沙眼衣原体性肺炎。沙眼衣原体感染还易导致男性出现尿道炎，病人出现衣原体性尿道炎时会出现尿道刺痛、刺痒、尿道口分泌物以及尿道综合 征，病人会出现尿道发热、尿频、尿急、尿痛、排尿不尽症状。沙眼衣原体感染严重，通常会导致男性和女性不育，导致男性附睾发炎，出现沙眼衣原体性附睾炎，导致男性睾丸生精功能障碍，导致精子活率下降，影响生育功能。