尿道口的尖锐湿疣，整体治疗上与其它部位尖锐湿疣的治疗原则和方法上一样，可以用微波手段，因为微波对于尿道口比较狭小的地方可以到达，可把疣体去除掉，去除掉疣体之后建议用干扰素、咪喹莫特涂抹，以去除病毒，如果免疫力有点低下的人，可服用增加免疫力的口服药。
对于尿道口尖锐湿疣治疗还可以用光动力的办法，光动力在尿道口上因为损伤较小、面积较小，所以光动力上药和照光都很容易集中达到需治疗的部位。但特别提醒在尿道口不要用鬼臼毒素类液体状的腐蚀性药物，因为水状药物很容易流到尿道深处的地方，造成病毒往深处去感染，如果造成尿道深部的感染，治疗会比较麻烦。