临床没有气管结核的概念，一般定义为气管内膜结核，气管内膜结核患者行气管镜没有严格规定次数，主要根据行气管镜目的。如果以诊断为目的，镜下进行刷检、活检、肺泡灌洗甚至穿刺活检，来帮助明确诊断即可。少数患者一次检查不能确诊时可行二次或多次气管镜检查。支气管内膜结核气管镜的阳性率较高，多数患者一次就可以。
若以治疗为目的，根据目的不同气管镜检查次数也不同。支气管镜内膜结核镜下药物治疗，目前认为局部给药可使药物直接作用到病灶区域，增加病变局部药物浓度，更有效起到杀菌、抑菌作用。国内外研究报道：气管内局部用药可以加快痰菌转阴，减少气管狭窄发生。对于瘢痕狭窄型患者，气管镜可行介入治疗，根据狭窄部位、程度分别可以给予球囊扩张、冷冻治疗或植入支架等。