卵巢囊肿手术属于大手术。妇科领域内认为只要在腹腔内进行手术都属于大手术。宫腔内操作手术为小手术。所以卵巢位于腹腔内部，这种手术称为大手术。但具体卵巢囊肿采取术式需要根据患者卵巢囊肿性质、种类以及年龄决定。卵巢囊肿如果发生在较年轻育龄女性，存在良性倾向，一般建议进行卵巢囊肿剥除术。
手术方式可以选择微创腹腔镜或开腹手术，需要根据医院条件以及医生手术技巧进行选择。恶性卵巢囊肿需要进行制定个体化手术方案，依据患者是否存在生育要求、恶性程度、恶性肿瘤类型进行不同手术方式选择，一般手术范围较 大。绝经女性卵巢囊肿一般不建议进行卵巢囊肿剥除术，建议切除同一侧附件。因为此年龄段发生卵巢恶性疾病风险较高。如果进行卵巢囊肿剥除术，手术中剥除容易导致肿瘤播散。所以近绝经或已经绝经女性进行卵巢手术，建议直接切除同一侧附件。