二次根管治疗的风险，主要在于第一次根管治疗时，如果根管充填不恰当，需要将第一次充填根管里的充填物清理干净。由于根管本身较狭长、较细，器械在清理时，可能会通过根尖孔将充填物推到牙根外。本身根管充填物可能会有异物反应，导致时间长时，根管外的充填物，可能会有炎性反应。
如果需要第二次做根管充填，往往意味着第一次根管充填物内有细菌残留，在第二次治疗时，也可能通过各种冲洗压力，使残留细菌通过根尖孔到达牙根周围，导致在牙根周围形成二次感染。综上，第二次根管治疗的风险，主要在于清理第一次根管充填材料时，可能会造成材料到达根尖外造成感染，或残留细菌到根尖孔外造成继发感染。