部分女性早孕5周出现肚子隐隐作痛，可能是以下原因：
1、妊娠后随着受精卵的不断发育、分化，子宫不断增大，子宫两侧韧带受到增大子宫牵拉会出现常见偶尔疼痛生理现象；
2、先兆流产流产，按照结局分为先兆流产、难免流产、稽留流产和完全流产。先兆流产指从妊娠开始到妊娠28周之前出现少量阴道出血，常为暗红色，或者白带中混有血迹，没有妊娠物排出，也没有宫口开大，子宫大小与停经月份相符合。大部分先兆流产经过休息和治疗，症状会迅速消失，是以继续妊娠；
3、异位妊娠即宫外孕。宫外孕有停经、腹痛和阴道出血三大主要临床表现。如果早孕5周出现隐隐下腹部作痛，应及时就诊，寻找原因，除外异位妊娠。