胃镜可以查出食管癌和胃癌，而且是食管癌和胃癌重要的检查方法。胃镜检查是用纤维胃镜通过口腔进入到咽部、喉部、胃以及十二指肠，可以清楚观察到上述器官的内壁情况，当胃癌、食管癌的分型较典型，如表面有菜花状的溃疡时，即可在胃镜下进行诊断。对于部分并不是十分典型的患者，则需要进行活体组织检查进行确诊，因此胃镜既可以检查器官，同时还可以通过夹取病变组织做活体组织检查，进行病理性诊断，只有病理性诊断才是确诊的唯一方法。
不论是胃癌，还是食管癌，在最终明确病情以后，均建议早期进行手术治疗。目前对于早期的胃癌或食管癌患者，可以通过胃 镜下进行ESD切除(内镜黏膜下剥离术)，从而达到根治，而对于进展期的患者，则需要通过手术来进行治疗，目前手术方式有开放的腹腔镜微创，以及达芬奇机器人微创等。对于部分患者如果在胃镜下考虑是胃癌或食管癌，但取病理后没有判定，通常建议再进行胃镜下的活体组织检查进行取材，以进一步明确该病变的性质。