怀孕初期轻微腹痛的原因很多，主要有以下几方面：
一、生理性腹痛：
比如仅在怀孕时，体内激素水平改变以及增大的胚胎对子宫刺激，可能导致轻微宫缩疼痛，但疼痛较轻且持续时间较短，休息后很快就能得到缓解。
二、病理性腹痛：
1、先兆流产：是最常见的情况，由于激素水平分泌不够，或由于胚胎质量不良，比如胚胎本身染色体的问题、基因异常，均会导致流产发生。先兆流产时可能刚开始出现征兆，随时间的延长，症状将会越来越明显，直至出现非常严重出血、腹痛而导致最终流产；
2、异位妊娠：除宫内妊娠，还可能涉及到宫外孕、异位妊娠。 在发生异位妊娠时，由于胚胎以及妊娠组织物不断增加，对周围组织的侵蚀、刺激、出血等均可能导致腹痛；
3、激素分泌异常：由于怀孕早期激素水平的分泌，导致卵巢黄体囊肿出现等，都可以表现为轻微腹痛。
怀孕初期肚子痛的治疗需要因人而异，选择不同的检查以及治疗方案。