婴儿心脏房间隔缺损是由于胎儿心脏在发育过程中受到一定干扰，尤其在怀孕早期12周内心脏房间隔形成原发隔和继发隔。
心脏发育早期形成的原发隔从心房顶部开始向下生长，大约生长到1/2时会继续向下生长，上面1/2原发隔会被逐渐吸收，被吸收后的原发隔右房侧会再长出一个房间隔，称为继发隔。继发隔将原发隔进行填补，如果完全填补心脏就可以正常发育，如果填补不全就会形成心脏房间隔缺损。
一般房间隔缺损是继发性房间隔缺损，多是由于继发隔未完全发育造成，但也存在原发性房间隔缺损，原发性房间隔缺损是由于原发隔从心房顶部向十字交叉 位置生长过程中未完全生长导致。