头癣属于浅部真菌病，致病微生物是皮肤癣菌，需采用抗真菌治疗且必须通过口服药物方可达到效果，外用药物可作为辅助治疗而非主要手段。因此其治疗方式有别于足癣、手癣等多种可由外用药物治愈的浅部真菌病，通常头癣患者可口服灰黄霉素、特比萘芬或伊曲康唑等药物，即便儿童出现头癣也可选择，副作用可控。
头癣治疗疗程不会过长且治疗期间可进行监测，医生也会根据致病菌种类选择合适药物，治疗疗程通常在4-8周。部分患者可能服药1个月后尚未完全治愈，但无需过于担心，部分可能需8周左右方可达到良好效果。而对于其他外用治疗则可作为辅助方法，主要以降低菌载量为目的，患者可选用酮康唑洗剂清洗头部，同时对周围环境进行消毒即可。