临床幽门螺杆菌检查通常采用C14或C13呼气试验进行检查。C14呼气试验参考值是0-99DPM。如果等于或高于100DPM时认为患者存在幽门螺杆菌感染，C13呼气试验正常范围为0-4DPM，低度超过4DPM说明存在幽门螺杆菌感染。
临床通常以幽门螺杆菌感染阳性和阴性进行判定，无法检测幽门螺杆菌数量。常见碳呼气试验检测值是指服药前后对比值，无法如实反映胃内幽门螺杆菌数量以及感染程度。血液中检查幽门螺杆菌抗体存在假阴性情况，不作为幽门螺杆菌感染线性指标。幽门螺杆菌超过正常范围仅代表感染幽门螺杆菌，不可代表病情轻重。