莫匹罗星软膏可以用于肛裂合并肛周皮肤细菌感染的治疗。肛裂是指肛管组织表面裂开形成了小溃疡，长约0.5-1cm，常引起肛周剧痛，肛裂的发病率约占肛肠病的20%，以年轻人为主，女性多见，尤其是年轻的女性，临床上主要表现为疼痛、便血和便秘。引起肛裂常见的原因来自于外力的冲击或摩擦，如果便秘时粪便过硬，也会导致肛裂，由此可见，肛裂不是由微生物感染所致。
肛裂的治疗主要由纠正排便异常、清洁肛门、坐浴、局部对症治疗，比如止痛，使用促裂口愈合类的痔疮膏、重组人表皮生长因子等，严重的患者还可以选择手术治疗。莫匹罗星软膏是一种局部外用的抗生素，适用于革兰氏阳性球菌引起来的皮肤感染，因此如果肛裂以后出现肛周皮肤的细菌性感染，才可以在医生的指导下选择使用莫匹罗星软膏局部治疗。但不要将莫匹罗星软膏涂抹于皮肤以外的黏膜上，如果患者伴有痔疮，则应注意不要将软膏接触在痔疮上，以免造成黏膜刺激，引起不适感，如果不慎碰到，应该立刻用清水冲洗。