到目前为止并没有公认的最佳的移植途径，每一种移植的途径都有优缺点，譬如内镜途径，最大的好处可以全结肠的给药，但是存在内镜操作风险，譬如穿孔、出血、感染等。
灌肠方式比较方便可行经济费用比较低，但是灌肠途径也存在缺点，即灌肠部位只能够到直肠或者直胰交界位置，这种情况没办法全结肠给药，会影响疗效。
另外也很难保证患者能够保持一段时间，让粪菌停留在腔里面，这样也会影响疗效。至于口服胶囊途径是患者最容易接受的，相对不会引起不适感，也没有其他操作风险，但是有缺点是很难保证粪菌胶囊里面的粪菌的有效性以及稳定性。
一般情况下，在 粪菌胶囊处理的过程中，有可能会损耗一些有益成分，从而影响整个粪菌移植疗效，所以到目前为止，新鲜粪菌暂时还是无法替代的。