胃间质瘤和其它肿瘤一样，都是有可能会复发的，但是复发几率取决于首次手术胃间质瘤的分期状态。胃间质瘤是间叶组织来源的肿瘤，分期主要依靠肿瘤的大小以及肿瘤的核分裂象、部位决定。
分期分为极低危、低危、中危、高危、极高危等组别。对于极低危患者，复发风险非常小，可将其视为良性肿瘤观察。但对于极高危患者，复发风险非常高，多数患者会在几个月、半年或者1年内复发。
对于这种病人，要采取术后的药物来治疗来辅助降低复发的风险。一般采取的降低风险方案是化疗方案，主要采取的是一线和二线的化疗药物，如格列卫和索坦 这类的药物以控制复发。