扁平疣去除的方法有很多种，常用的包括外用药物治疗，适用于疣体比较多的情况，外用药物包括维A酸软膏、咪喹莫特、干扰素凝胶、肽丁胺霜等。最常用的其实还是物理治疗，物理治疗也包括很多种方法，包括冷冻、微波、激光等等。物理治疗有创伤，一般适用于疣体数量比较少的患者。
另外，也可以配合内用药物，内用的药物目前也没有特效药物，因为扁平疣是由于病毒感染所引起，目前针对这种病毒没有特效的药物，临床上可以试用干扰素一类的药物。总之，清除的方法很多种，如果数目比较少，可以选用物理治疗；
如果数目多，可以选用外用药物治疗。还有一种方法叫光动力治疗，目前在临床上也取得了很好的疗效。