飞秒激光手术其实分两种手术方式：飞秒激光辅助的准分子激光联合手术和全飞秒激光手术，即小切口角膜基质透镜取出术。
这两种激光手术都要求患者在手术台上按照医生的要求去配合手术，如盯着眼前的目标灯保持不动，在25秒钟左右的时间，在此过程中患者在手台上紧张，或者部分痛觉导致眼球运动，计算机控制的手术进程就会终止，患者无需担心，飞秒激光有非常大的特点是它可以在中断的点上调整手术方案，可以立刻往下进行，完成下面的步骤。
除非是非常关键的步骤，眼球动了以后导致近视矫正的程序不能往下进行，还可以等一段时间以后，待角膜的表面恢复，重新再开始，依然不会影响手术效果。 所以飞秒激光是目前激光矫正手术方案里最安全的一种手术方式。