呼吸机分为有创呼吸机和无创呼吸机，长期使用呼吸机的危害主要包括两方面。有创呼吸机都是在医院里抢救患者的时使用，或者是做了气管切开后保留气管导管的患者，主要是见于颈髓高位截瘫等呼吸功能受到影响的患者。
有创呼吸机的危害包括呼吸机相关性肺损伤、肺炎、膈肌功能不全、氧中毒；呼吸机对肺外器官功能也有影响，比如长期使用呼吸机对心脏、肝脏的影响，长期使用有创呼吸机可以导致肾脏肾血流量下降，导致肾功能损伤；
呼吸机的氧中毒主要的是在使用有创呼吸机的时候，氧浓度过高导致肺纤维化。另外，长期使用有创呼吸机会依赖呼吸机导致膈肌功能不良，患者脱机困难，脱不了呼吸机。
在家里用的还有无创呼吸机，无创呼吸机长期使用，消毒不严格会引起感染，引起脸部、鼻部的肌肉压迫甚至引起溃疡等，也可能产生呼吸机的依赖，呼吸机幽闭症，当患者与呼吸机不协调的时候，反而会加重呼吸困难。