结核病人窦道处理最重要的是规范使用抗结核药。脊椎结核和肺结核认识不同，将脊椎结核等同于肺结核是错误的观念。现在肺结核普遍用药在6个月左右，而脊椎结核一般建议病人用药至少18个月。所以针对术后形成窦道或者为手术形成窦道的患者，需使用足够抗结核药，通常认为抗痨药达到效果时，窦道自然会闭合。
脊柱结核并发窦道是因为结核杆菌在局部形成冷脓肿，冷脓肿必须流出，因此在皮肤覆盖比较薄的地方容易形成窦道。病人手术后切口愈合比较差，对结核杆菌毒力控制以及结核杆菌形成新的寒性脓肿控制比较差，炎症物质必须流出，所以有时会从伤口部 位流出形成窦道。不管是为手术形成窦道还是手术后形成窦道，都是因为结核杆菌毒力比较强形成窦道。