支气管结核属于结核病的特殊的类型，所以支气管结核的治疗也要遵循结核的十字方针，即早期、联用、规律、适量、全程。支气管结核的治疗疗程至少是1年，经过1年以上的治疗后在专科医生的指导下判断是否需要停药。专科医生可根据患者的临床表现、影像改变、痰涂片是否转阴、痰培养是否转阴等情况，以及患者的其它情况进行综合评判，医生如果认为可以停药才能考虑停药。
如果患者擅自停药或者是服药不规则，患者就容易复发。如果支气管结核复发，则需要找专业医生正规评估是否出现耐药。如果支气管结核出现耐药，则需要采用耐药的治疗方案。耐药支气管结核的 治疗疗程更长，可能需要1.5-2年。