甲亢使用药物的副作用主要包括以下几个方面，如白细胞减少、粒细胞缺乏、转氨酶升高、胆红素水平升高、关节疼痛、皮疹。
1、白细胞减少、粒细胞缺乏：口服抗甲状腺药在使用过程中，一定要严密监测血常规的情况。尤其在刚开始使用的时候，建议每周都应该严密监测血常规，甚至要缩短时间。因为有些患者在使用药物的时候，容易出现白细胞的减少，甚至严重时会出现粒细胞缺乏，诱发重症感染；
2、转氨酶升高、胆红素水平升高：使用甲状腺药物治疗的过程中，要严密检测肝功能，在使用甲状腺药物的时候，有些患者容易出现转氨酶水平的升高，而有些患者容易出现胆红素水平的升高。这些都需要加强严密的随访，如果出现严重不良反应应该及时停药；
3、关节疼痛、皮疹：在使用甲状腺药物治疗的过程中，还要注意患者观察的关节症状，有少数患者可以出现关节疼痛的症状。如果可以耐受、可以先观察，如果比较严重应该及时停药，还要观察是否出现药物引起来的皮疹。有些患者在使用药物以后容易出现药物相关性的皮疹，皮疹比较严重，应该及时的停药，同时在皮肤科进行密切随访。还有些患者在长时间使用甲状腺药物以后，容易导致药物相关性血管炎。