甲状腺乳头状癌最常见的转移部位是颈部，局部的淋巴结转移最为多见，很少会出现远隔转移。颈部淋巴结分为7个区，甲状腺乳头状癌转移分为中央区和侧颈区淋巴结转移。中央区主要是六区和七区，六区在气管旁，七区在上纵隔，转移在六区更常见。侧颈方主要是二区、三区、四区，为上颈、中颈和下颈。
不一定最常见的转移就是六区，有文献报道，1cm以下较小的微甲状腺上级的甲状腺乳头状癌患者，可能最先转移部位在三区即中颈部的侧颈方位置。乳头状癌的患者要做详细的颈部B超检查，定位淋巴结是否有问题，有问题则需同时做淋巴结清扫，以达到根治的效果。极少部分比较晚期的甲状腺乳头状癌患者可能会转移到远隔，常见部位为骨、肺和脑。