涉及手术时会有疼痛问题，行心房间隔缺损介入手术的患者使用局麻之后，对于穿刺血管及后续整个过程，绝大多数病人没有任何感觉，并不存在更严重疼痛。若患者进行开胸修补手术，可能需要在胸壁上切开30-40cm的创口，疼痛会持续一段时间，房间隔缺损介入手术的疼痛感非常轻微，患者不必太在意。
进行房间隔缺损介入治疗是将直径5mm左右的塑料管通过血管进入心脏内，找到缺损部位以后在缺损区域撑开伞，将缺损区域封堵上。进行皮肤穿刺的同时会先给予局部麻醉，此手术一般不会进行全麻，除非患者是幼儿，不能自主配合。一般成年人或青少年能配合手术都是使用局麻，注射麻醉时肯定会疼。