双侧肾结石处理的原则较多，首先一定要进行B超检查，评估双侧肾结石的大小、位置、数量、肾积水的情况，需要进行肾功能、总肾功能的评估，必要时需要进行肾动态检查，评估双侧肾功能的情况，根据不同的情况进行治疗。
如果双肾都有比较小的结石，这种情况建议多喝水、吃排石药物、适当运动，促进结石排出体外。治疗结石药物主要有排石颗粒等，运动主要包括慢跑、跳绳，推荐每天喝水量＞2500ml。如果一侧有小的结石，对侧有比较大的结石，这种情况主要处理对侧比较大的结石，包括体外震波碎石、输尿管软镜钬激光碎石、经皮肾镜手术等。
如果双侧都有比较大的结石，则需要根据梗阻的情况、肾积 水的情况、双肾功能情况再决定，先处理梗阻严重的一侧，还是梗阻比较轻的一侧，这种情况处理结石要根据实际操作情况及医生的水平，做出有效的评估。