生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒Ⅰ型或Ⅱ型感染引起，单纯疱疹Ⅱ型较多见，单纯疱疹Ⅰ型通常引起口唇疱疹，也可通过口腔传染到生殖器，性交时带毒方的病毒可直接接种于女性宫颈、外阴、肛门和口咽黏膜表面，也可通过生殖器或肛门皮肤黏膜摩擦，出现微小裂隙及损伤，进入易感者皮肤黏膜。此外，母体感染单纯疱疹病毒可在子宫内传播给胎儿，或分娩时经产道传播给新生儿。
女性通过性接触传染的生殖疱疹均长在外阴及肛周，黏膜出现局性红斑，红斑上针尖大小水疱，水疱糜烂出现结痂、溃破，伴有轻微痒、疼，女性特殊类型的生殖器疱疹，如疱疹性宫颈炎，表现为黏液脓性宫颈炎，多数患者有脓液或血性阴道分泌物、宫颈充血及脆性增加，出现水疱、糜烂，甚至坏死，若患妊娠期生殖器疱疹，可造成胎儿宫内发育 迟缓、流产、早产甚至死亡，初发生殖器疱疹需及早治疗，若出现复发性生殖器疱疹，则较难治愈。