牙根尖囊肿需要根据其大小、范围及致病因素决定是否能够自愈，通常如果不通过相应的外界干预，其单纯自愈的可能性极小。根尖囊肿要进行相应检查并找到病因，根据病因进行准确判断，如果其存在的时间较长，则很难自愈。
如果由于牙髓炎或根因周炎引起，则自愈可能性几乎为零，其根源、病原是由于外界炎症刺激引起，炎症因子没有去除当然无法痊愈。因此患者通常根据牙片的结果，决定是否进行根管治疗，并在根管治疗时要将牙髓腔及根尖的炎症彻底根治及清除，从而才能够将根尖囊肿得以治愈。这种方案才是最佳治疗，不要因为无法得到及时自愈， 而引发更为严重的问题。