新生儿呼吸窘迫综合征时，因为气管插管、机械通气容易引起肺部感染，还因为长时间吸入高浓度的氧和机械通气可以造成肺损伤、肺纤维化，可在新生儿后期并发支气管肺发育不良，严重影响新生儿的存活率和生存质量。
早产儿因为视网膜发育不成熟，在新生儿呼吸窘迫综合征时，因为长时间吸入高浓度的氧和机械通气，可使视网膜血管收缩，引起视网膜缺氧，从而诱导产生血管生长因子，刺激新生血管形成，导致早产儿视网膜病。少数早产儿因发生视网膜病，会导致失明或严重的视力障碍。
发生新生儿呼吸窘迫综合征时，因为肺泡萎陷，肺动脉阻力增高，可以引起动脉导管未闭，早期出现右向左的分流 ，在后期出现左向右的分流。因为肺泡的萎陷长期缺氧，可以引起动脉导管未闭和持续肺动脉高压，都可以加重新生儿呼吸窘迫综合征的病情，使病程延长，在发生这些并发症时，要积极、合理治疗。