大部分的咳绿色痰，最常见于绿脓杆菌感染。因为不同的细菌感染，有时痰液的性状也不同。如绿脓杆菌感染，多数是绿色的痰。绿脓杆菌实际上是条件致病菌，多发生于免疫力低下的人群或患有某些基础性疾病的人群，例如支气管扩张或慢性支气管炎的患者，特别容易定殖在下呼吸道里。
而正常人的下呼吸道应处于无菌状态，但是支气管扩张或慢性支气管炎的患者容易出现细菌的定殖。并且经过多次抗生素治疗以后，有时可能出现耐多种药物的绿脓杆菌定殖，给治疗造成一定的困难。
另外初期感染时，当细菌入侵人体，人体的免疫反应将其包围，而裹细菌的分泌物中含有大量的中性粒细胞。当中性粒细胞吞噬细菌并达到一定数量时，会转变为脓细胞，并最终坏死和崩解，继而形成脓液。
如果一开始的脓液是黄色，经历氧化过程以后，尤其是与其他分泌物混合。在体内存留了一段时间，被氧化以后，则会出现绿痰。