怀孕初期有褐色分泌物，需要考虑以下几个方面的原因：
1、先兆流产：首先要考虑是不是有先兆流产的征兆，这种情况应该先到医院去做血HCG和孕酮的检查，还要做B超，看是不是宫内妊娠。如果是宫内妊娠，可以采取保胎的措施；
2、宫外妊娠：要提示女性朋友的是，在怀孕前3个月不能同房。另外在怀孕初期如果出现了褐色分泌物，还要警惕有没有宫外妊娠的发生，也要通过B超检查来判断；
3、胚胎发育：还要看胚胎发育的情况，有时胚胎发育不好，也会出现阴道褐色分泌物的情况。这也要通过血HCG、孕酮，还有B超的检查来定；
4、宫颈病变：本身宫颈有糜烂，在怀孕时由于激素的刺激， 会造成宫颈糜烂面的少量出血。甚至有些宫颈息肉在怀孕时，也会由于激素的刺激而出现少量出血。
所以在怀孕初期出现了阴道出血的情况，应该及时到医院去就诊。