儿童外生殖器小主要包括以下四种原因：
1、隐匿性阴茎：阴茎外观较小，但往后挤压皮肤后阴茎起露，大小正常，阴茎海绵体发育良好，往往包皮口较小，龟头不能外露，包皮严重缺乏，称为隐匿性阴茎；
2、阴茎阴囊融合：即阴茎腹侧下方和阴囊融合，导致阴茎外观较短。但隐匿阴茎与阴茎阴囊融合勃起后阴茎外观正常；
3、束缚阴茎：包茎手术后或包皮外伤后形成瘢痕，阴茎在下方被束缚，完全不能往外伸出，因此阴茎外观短小；
4、小阴茎：为真正的阴茎短小，明显低于正常值2.5个标准差，而且阴茎海绵体发育不良。新生儿一般阴茎长度在1.9cm以上，小阴茎患儿阴茎往往小于1.5cm。