阴道的微生态是由阴道的微生物的菌群、宿主的内分泌系统、阴道的解剖结构、阴道局部的免疫系统共同组成。因此，在微生态平衡系统里，并不是女性想象的绝对无菌的环境，其实阴道内有种类繁多的微生物的菌群，具体如下：
1、革兰氏阳性菌：阴道菌群有革兰氏阳性需氧菌和兼性厌氧菌，常见的包括乳杆菌、非溶血性链球菌、肠球菌，甚至可能还有表皮葡萄球菌。除了革兰氏阳性需氧菌外，还有一部分是专性的厌氧菌包括消化球菌；
2、革兰氏阴性菌：包括革兰氏阴性的需氧菌和兼性厌氧菌，常见的包括加德纳尔菌、大肠埃希菌、摩根菌等。除革兰氏阴性的需氧菌外，还有一部分是 专性的厌氧菌包括动弯杆菌、梭杆菌、普雷沃菌等；
3、其他病原体：除上述所提到的细菌外，阴道甚至还会有其他的病原体存在，比如支原体、假丝酵母菌等。
正常情况下尽管阴道内有上述病原体存在，但若阴道微生态处于相对稳定的状态，此时可能并不会导致疾病。若平衡被破坏就可能使原来存在的加德纳尔菌、假丝酵母菌等异常增殖，继而容易罹患细菌性阴道病、外阴阴道假丝酵母菌病。