急性肠炎可分为感染性肠炎、细菌性肠炎、病毒性肠炎，寄生虫引起的肠炎，药物性引起的肠炎。如果是感染引起的肠炎首先要确定是哪一种病原菌感染，细菌感染可以用抗生素，如喹诺酮类、环丙沙星、左氧氟沙星等抗菌治疗。同时因为肠炎经常会有大量肠液丢失，还要注意补充体液、多喝水，喝电解质如口服补液盐或矿物质饮料等。另外还要注意休息，避免继续吃能够导致腹泻的食物。还要注意清洁饮食，避免不洁饮食病史。
如果是药物引起的肠炎，要停用有可能引起腹泻的药物。另外可以用止泻对症的药物，如蒙脱石散、黄连素等缓解症 状，一旦药物停用以后肠炎很快会自愈。