电子结肠镜的检查一般需要10多分钟，即可完成。对于没有特殊病史，比如没有腹部手术史，并且也并不是过度肥胖，或者过度消瘦的患者，如果检查非常顺利，往往5min左右就可以从肛门插进回肠袢左右以及回肠末端。
随后通过退镜的细致观察，往往要求8min以上，以便更好的完成结肠镜检查。如果患者既往有腹部病史，或者过度肥胖、过度消瘦，这时都会影响肠道的结构改变，插镜的过程中，有些患者非常困难。
有困难的患者在整个插镜的过程中，有可能会耗费很长的时间。因此每个人的结肠镜的检查时间不同，大多数患者10-20min就能完成。但一些困难的检查，甚至需要30min以上。
如果做结肠镜检查的时候发现了病变，比如发现有息肉，或者是占位性病变，取活检相对消耗的时间也会增加。如果做结肠镜下的治疗，比如多个息肉，要做息肉的电切，这时候时间可能会进一步延长。