结石排出主要是吃一些排石药物，常用的有植物药物或中药，如排石颗粒、肾石通、结石通、尿石通、金钱草颗粒等。同时用一些解痉、止痛、通淋、利尿的药物，如泌炎灵、癃清胶囊等，本身具有清热解毒的作用。
同时应用抗生素，多是用一些清热解毒或者是预防大肠埃希菌的抗生素。结石大多都合并有感染，在没有得到细菌培养结果以前，抗生素预防常选择喹诺酮类抗生素。
在有细菌培养结果以后，再去根据培养结果应用有效抗生素，而且要足量、足疗程。在排石过程当中要注意多喝水，每天保持水量在2000ml以上，尿量也得保证在2000ml以上。
对于疼痛，多用一些解痉药物，常用的有α受体阻滞剂如坦索罗辛，也可以用654-2(山莨菪碱)等解痉药物。如果疼痛比较明显，可以用一些肌肉或静脉途径给予的止疼药物，如黄体酮、杜冷丁、吗啡等。
结石的排出关键是多喝水，应用一些排石通淋的清热解毒药物会有帮助作用。但是药物结石排出有适应证，多应用于5mm以下的结石。