衣原体是一类严格细胞内寄生的原核细胞型微生物，包括沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体、肺炎衣原体和牲畜衣原体。前三种可引起人类致病。沙眼衣原体感染最多见，通常通过直接接触、间接触摸污染物或性接触传播。泌尿生殖道衣原体通常检测沙眼衣原体抗原，如果结果为阴性，则有几种可能：
1、试剂盒测定不同的血清型的沙眼衣原体，其最低检出水平不同，含量如果低于检测线，即使为阳性标本，也会为阴性结果；
2、可能存在干扰检测药物导致阴性结果；
3、测试结果为阴性，临床症状仍然存在，此时应做进一步临床检测，阴性结果并不能排除沙眼衣原体感染；
4、如果取样不正确或取样量不足，均会造成阴性结果。取样时只能使用涤纶试纸，对宫颈口取样或者男性尿道取样，尿道取样前至少需两小时不排尿，试纸需插入2-4cm深，轻转几次，再停5-10秒钟后拔出，如果取样不正确，则会造成假阴性结果；
5、没受到衣原体感染。
人体感染衣原体后可产生特异性体液免疫反应，即产生抗体和细胞免疫，但维持时间短。