为了甲沟炎彻底控制炎症、充分引流，多采取全拔指甲术，有少部分是在侧方做局部侧切，剪除少部分指甲做局部引流，具体方式主要取决于炎症的严重程度和局部的病变程度。甲沟炎拔甲的主要目的是去除指甲，解除指甲对甲床和甲沟的压迫，使得局部的炎症和感染能够充分引流，并不能彻底根治甲沟炎，但是对于炎症的控制非常有利。
一般采取全拔指甲术，可以充分引流、控制感染，也便于换药。指甲全部拔除以后，整个指甲生长出来也比较完整。有少部分由于炎症比较局限，主要在侧方，并没有全部指甲感染，可以做侧方的指甲切除，使得侧方的肉芽以及被包绕的指甲受嵌压的情况得以改善，有利于局部换药，有利于局部引流和控制感染。但是侧切在指甲生长出来以后，容易使侧方的指甲重新嵌到炎症肉芽组织里，所以一般多采取全拔甲的方法治疗严重的甲沟炎。