消化不良患者就诊时需要告知医生消化不良的症状、程度、发生频率以及症状发生与进餐的关系、夜间有无消化不良症状、排便情况，有无便秘、腹泻，进食量有无改变，有无进食量下降，有无明显体重下降。医生会根据患者提供的病史选择合理检查，基本检查包括大便常规检查、血常规检查、腹部B超检查。引起消化不良的疾病比较多，只有排除其它病理性、器质性疾病，才能诊断为消化不良，因此病史提供非常重要。
如果患者出现报警症状，比如黑便、腹部包块、消瘦、贫血，以及年龄在45岁以上的初发患者、存在消化道肿瘤家族史，或者症状呈进行性加重，患者 需要进行消化系统肿瘤标志物检测、腹部CT检查，有条件还可以做胃排空、胃容纳和感知功能检测。
我国是幽门螺杆菌感染和胃肠肿瘤的高发国家，因此需要尽早进行幽门螺杆菌检测和胃肠镜检查。对于存在报警症状的患者，应该彻底检查，明确病因。如果考虑存在胃肠以外的疾病引起的症状，比如肾脏疾病、心脏类疾病、硬皮病、甲状腺疾病，患者也需要进行这类疾病的相关检查以明确病因。